Les faits et la procédure. Dans cette affaire, le Préfet de l'Ain a délivré par arrêté du 6 novembre 2019 une autorisation environnementale unique prévue au titre de l'article 181-1 du code de l'environnement à la société C. pour l'exploitation et l'extension d'une carrière de sable sur le territoire de la commune de S..

Cette autorisation vaut, d'une part, autorisation au titre des installations classées pour la protection de l'environnement et d'autre part, dérogation à l'interdiction de porter atteinte aux espèces protégées, prévue à l'article L.411-2 du code de l'environnement.

Une association a alors saisi le tribunal administratif de Lyon afin d'obtenir l'annulation de cet arrêté au motif principal que celui-ci méconnaîtrait l'article L.411-2 du code de l'environnement relatif aux dérogations à la protection des espèces protégées.

Par un jugement du 9 décembre 2021, le Tribunal administratif de Lyon a écarté les moyens invoqués par les requérants pour l'annulation de l'autorisation environnementale attaquée.

Sur l'application du régime de protection des espèces protégées à un habitat artificiel

Pour rappel, l'article L. 411-1 du code de l'environnement liste un certain nombre d'interdictions au titre de la protection du patrimoine naturel. Celles-ci portent notamment sur la destruction et la perturbation intentionnelle des espèces animales protégées, la destruction de végétaux protégés ainsi que la destruction, l'altération ou la dégradation de leurs habitats naturels ou d'espèces.

Partant, les bénéficiaires de l'interdiction de destruction sont : les sites d'intérêt géologique, les habitats naturels, les espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées ainsi que leurs habitats.

La protection des habitats naturels est notamment régie par le code de l'environnement qui comporte aux articles R.411-17-7 et suivants des mesures de protection spécifiques à ces habitats.

De nombreuses activités humaines peuvent être concernées par l'interdiction de porter atteinte aux espèces protégées et leurs habitats. Tel était le cas par exemple, pour la délivrance d'un permis de construire, situé dans un secteur abritant des crapauds accoucheurs impliquant des travaux de terrassement (CAA, Bordeaux, 5e ch., 2 nov. 2009, n°09BX00040), pour une autorisation de défrichement d'une zone forestière abritant la tortue d'Hermann (CAA Marseille, 5e ch., 4 juill. 2013, n°11MA01926) ou encore, pour la réouverture de la carrière de Nau Bouques située sur le territoire de la commune de Vingrau (CE, 3 juin 2020, n°425395).

En l'espèce, l'autorisation environnementale litigieuse porte sur l'exploitation d'une carrière de sables et de graviers alluvionnaires ainsi que l'exploitation d'une station de transit de produits minéraux. La société défenderesse a soutenu dans ses écritures que le régime de protection des espèces protégées ne pouvait être applicable aux habitats artificiels, excluant dès lors l'application du régime à son exploitation.

Or, le tribunal administratif de Lyon relève que l'interdiction posée par l'article L.411-1 du code de l'environnement s'applique aussi bien aux milieux naturels qu'à des espaces créés par l'activité humaine dès lors qu'ils étaient colonisés par une espèce animale protégée.

Il juge en l'occurrence, que "Le fait qu'un site a été créé ou modifié par l'activité humaine ne fait pas obstacle à ce que cet espace, dès lors qu'il est occupé par une espèce animale protégée, soit regardé comme un habitat d'espèces au sens et pour l'application de ces dispositions ».

En conséquence, le tribunal administratif de Lyon confirme que les dispositions du code de l'environnement relatives à la protection des espèces protégées sont applicables même aux habitats créés artificiellement.

Sur la légalité de la dérogation à l'interdiction de porter atteinte à la conservation des espèces protégées

En premier lieu, l'article L.411-2 du code de l'environnement permet d'accorder des dérogations aux interdictions de destruction du patrimoine naturel, sous certaines conditions.

L'article dispose que « La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle (…) ».

Il ne peut donc être dérogé au principe d'interdiction de destruction du patrimoine naturel qu'à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante et que cette dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.

En second lieu, l'article L.181-2 du code de l'environnement prévoit que l'autorisation environnementale tient lieu de dérogation aux interdictions édictées par l'article L. 411-2 du code de l'environnement :

"I. - L'autorisation environnementale tient lieu, y compris pour l'application des autres législations, des autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments suivants, lorsque le projet d'activités, installations, ouvrages et travaux relevant de l'article L.181-1 y est soumis ou les nécessite :
5° Dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats en application du 4° du I de l'article L. 411-2 ;".

Dès lors, la demande d'autorisation environnementale comprend la dérogation aux interdictions édictées pour le patrimoine naturel.

En l'espèce, il apparaît que le site de la carrière de S. est fréquenté par plusieurs espèces d'oiseaux protégées au titre des dispositions du code de l'environnement et de l'arrêté du 29 octobre 2009. La société exploitante de la carrière a obtenu une dérogation pour l'une de ces espèces, l'Oedicnème criard.

Pour autant, selon les requérants, l'autorisation environnementale méconnaîtrait les dispositions du code de l'environnement en l'absence de dérogation à la protection des habitats de l'hirondelle de rivage.

Mais, faute de renseignements précis sur la fréquentation de l'hirondelle de rivage au sein de la carrière, le tribunal administratif a jugé que la nécessité d'obtenir préalablement à l'exploitation une dérogation concernant cette espèce ne s'imposait pas. Dès lors, les exploitants n'étaient pas tenus de requérir une dérogation en application du 4° de l'article L.411-2 du code de l'environnement pour l'hirondelle de rivage.

Toutefois, le tribunal ajoute que : « il appartiendra le cas échéant au préfet d'obliger l'exploitant à réaliser, avant chaque étape de remise en état requise par l'arrêté, un diagnostic complémentaire de ceux déjà prévus et, dans le cas où la présence de l'hirondelle de rivage sur les fronts de taille sableux serait avérée, d'ordonner des mesures permettant d'éviter toute atteinte à cette espèce et à son habitat ou, éventuellement, et en faisant au besoin usage des dispositions de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, d'examiner la possibilité de délivrer une dérogation en application du 4° de l'article L. 411-2 du même code »

Dès lors, dans le cas où, en fin d'exploitation du site, la présence de l'hirondelle de rivage serait avérée, et que certaines mesures s'avéreraient incompatibles avec l'occupation de l'espèce sur le site, l'administration devra examiner la possibilité de délivrer une dérogation à l'interdiction de destruction de cet habitat d'espèces.

L'obligation de dépôt d'une demande de dérogation en application de l'article L.411-2 du code de l'environnement peut s'imposer à tout moment de l'exploitation de l'installation, et ce jusqu'à la cessation de l'activité.

Cette décision s'accorde avec la jurisprudence en la matière. En effet, le tribunal administratif de Limoges avait également annulé l'exécution d'un arrêté ordonnant la remise en état d'une carrière au nom de la protection des espèces protégées. En l'espèce, la remise en état de la carrière aurait abouti à la destruction de l'écosystème de plusieurs espèces protégées qui avaient progressivement investi le site de l'ancienne carrière (TA Limoges, 1ère ch., 20 déc. 2007, n°0500780).

Sandie Dubois

Juriste - Cabinet Gossement Avocats